Phật Đá có hình dạng một hòn đá tự nhiên, không có dấu vết chạm khắc nào. Theo các nhà khoa học, tục thờ đá của người Việt có từ trước khi đạo Phật du nhập vào nước ta. Trong những công trình nghiên cứu đã được công bố của một nhà khảo cổ học người Pháp từ những năm 30 của thế kỷ trước cũng nói đến cư dân tiền sử ở Việt Nam có tục thờ đá.

Gần đây, việc phát hiện, khai quật di chỉ khảo cổ học Mán Bạc (thôn Bạch Liên, xã Yên Thành, huyện Yên Mô, tỉnh Ninh Bình) cũng cho thấy, cư dân cổ Mán Bạc cách ngày nay 3.000 - 4.000 năm có tục thờ đá hay xếp đá thành từng đôi như biểu tượng Hòn Trống, Hòn Mái để thờ. Hiện tượng thờ đá này thuộc tín ngưỡng Tô-tem giáo, thờ những gì gần gũi với cư dân cổ thời đó như đá, sông, suối, cây, động vật...

Phát hiện Phật Đá ở Ninh Bình sẽ mở ra một hướng nghiên cứu lịch sử Phật giáo Việt Nam.

Tên gọi “Phật Đá” hoặc “Phật Mọc’’ có ý nghĩa Phật từ dưới đất mọc lên (theo cách gọi của người dân địa phương) thì vẫn chưa có lời giải thích rõ ràng. Tuy nhiên, các nhà khoa học tạm thời nhận định là khi Phật giáo thâm nhập vào Việt Nam, cư dân cổ đã bản địa hoá kết hợp với tín ngưỡng dân gian để hình thành việc thờ Phật Đá.

Chùa Mơ nằm trong không gian của vùng giao thoa văn hoá Việt - Mường, gần với di tích đình Mỹ Hạ (quê ngoại của vua Đinh Tiên Hoàng) và gần động Hoa Lư, nơi gắn bó với thời niên thiếu, nơi tập trận của Đinh Bộ Lĩnh. Theo các nhà khảo cổ, việc phát hiện thờ Phật Đá ở chùa Mơ mở ra một hướng nghiên cứu về lịch sử Phật giáo cũng như bản sắc văn hoá dân tộc Việt ở khu vực Ninh Bình. Vì vậy, trước mắt cần bảo tồn nguyên trạng chùa Mơ để tiếp tục nghiên cứu.