Năm 2004 đã lập di chúc, Hòa thượng Thích Thánh Nghiêm yêu cầu được hỏa thiêu thực tán
Đối với việc sanh tử, từ lâu Hòa Thượng Thánh Nghiêm đã tham cứu thông suốt, vào năm 2004 Ngài đã dự lập di chúc, trong đó Ngài nêu ra: việc hậu sự tuyệt đối không thể phô trương lãng phí, phải hết sức tiết kiệm, yêu cầu không đăng cáo phó, không xây mộ cũng không lập bia, chọn phương pháp thực tang trở về với đại thiên nhiên;
Dù rất bình thản đối diện với sự sống chết, nhưng Hòa Thượng Thánh Nghiêm vẫn còn có một di nguyện, đó chính là lúc sanh tiền Ngài đã không thể tận mắt nhìn thấy đại học Pháp Cổ Sơn chính thức thành lập.
Hòa Thượng Thánh Nghiêm lâm bịnh qua đời, hưởng thọ 80 tuổi, đối với sinh mệnh Ngài đã thông thấu từ lâu, trong di ngôn Ngài đã khẳng khái nêu ra:
“Vô sự mang trung lão,
Không lí hữu khấp tiếu,
Bổn lai một hữu ngã,
Sanh tử giai khả phao”
(Già nua trong Phật sự,
Cửa không có khóc cười,
Xưa nay vốn vô ngã,
Sanh tử đều nên bỏ.)
Đây chính là bài kệ Hòa Thượng Thánh Nghiêm dùng để khai thị cho đại chúng, ai ai cũng chỉ là khách trọ, chẳng có gì phải tính toan nhiều!
Phương trượng hiện tại của Pháp Cổ Sơn nói: “tôi trước nay chẳng có của cải riêng tư gì, tất cả của cải đều là của đàn na thí chủ cúng dường, nên đều thuộc về đạo tràng.”
Một đời gian khổ, Hòa Thượng Thánh Nghiêm dự tính nên tiết kiệm, năm 2004 Ngài lập di chúc để lại, “sau khi mất không cho hiếu đồ đăng cáo phó, không cúng kiếng, không xây mộ, không dựng tháp, không lập bia, không đúc tượng, không thâu lượm xá lợi, thực tang, không phô trương lãng phí.”, đối với việc sống chết, Hòa Thượng Thích Thánh Nghiêm tỏ thái độ rất tự tại, song trước khi viên tịch Ngài đã không tận mắt nhìn thấy Đại học Pháp Cổ Sơn chính thức thành lập, đây là di nguyện lớn nhất của Ngài.
Đổng sự trưởng của Đại học Pháp Cổ Sơn Trịnh Đinh Vượng nói: “lần cuối cùng (18/1) tôi đến thăm Sư phụ, bàn với Ngài về tương lai phát triển của đại học Pháp Cổ Sơn, bàn hơn cả tiếng đồng hồ, lúc đó tinh thần Ngài đã không tốt lắm, vậy mà thật kì lạ là trong hai ngày đó lại rất phấn khởi khỏe khoắn.”
Pháp thể Hòa Thượng tạm thời an trí ở Pháp Cổ Sơn, ngày mồng 4 tháng 2 mở cửa cho tín đồ đến kính viếng, suốt ngày đêm niệm Phật báo ân, ngày mồng 6 cử hành nghi thức nhập liệm, ngày mồng 8 tiến hành đại lễ trà tỳ di thể, ngày 15 tro cốt được thực táng tại khuôn viên môi trường sinh mệnh, trong Pháp Cổ Sơn nơi Ngài đã từng sáng lập nên.